会社設立時に使える助成金・補助金とは？種類や違いを徹底解説

全国47都道府県（フルリモート対応）で、助成金・補助金申請を通じて企業の成長を強力にバックアップする東京・新宿の税理士事務所、BIZARQ（ビズアーク）グループ 、BIZARQ社会保険労務士法人 代表の八木雄大です。

会社設立や新たな事業展開には、設備投資や広告宣伝、人材採用など多岐にわたる費用が発生し、決して安くない初期投資が必要となります。すべてを自己資金だけでまかなうのは容易ではなく、事業を早期に軌道に乗せるためには外部からの資金調達が欠かせません。

金融機関からの創業融資はもちろん重要ですが、返済義務のない「助成金」や「補助金」という制度を活用することで、財務の基盤をより強固なものにすることができます。本記事では、会社設立時に知っておくべき助成金・補助金の基本から、具体的なおすすめ制度、そして申請時の落とし穴や税務上の注意点までを徹底解説いたします。

事前に会社設立の全体的な費用感を把握しておきたい方は、会社設立に必要な費用はいくら？相場から最安値まで紹介！ の記事もあわせてご覧ください。

プロの視点会社設立時の資金調達は「事業計画の質」と「申請のタイミング」で決まる

創業期における助成金や補助金の活用は、企業の事業展開のスピードに大きな差をもたらす重要な要素です。しかし、士業の現場から見ると、「要件を満たしているから後から申請すればもらえるだろう」と安易に考えて失敗してしまうケースが後を絶ちません。

助成金や補助金を成功させるためには、説得力のある「質の高い事業計画書」の策定と、要件に合わせた「適切な申請タイミング」の2点が極めて重要です。多くの補助金では交付決定前の発注・契約が対象外となり、助成金もコースごとに事前計画提出の期限が定められているため、事前のスケジューリングと資金繰り計画が必須となります。

さらに、補助金や助成金だけに頼るのではなく、税制優遇制度との組み合わせも検討が必要です。例えば、令和8年度税制改正で創設された「大胆な設備投資の促進に向けた税制措置」などの最新税制を活用する道もあります。ただし、本税制は中小企業でも投資額5億円以上・ROI 15%以上等の大規模投資が対象となるため、創業直後の一般的な設備投資では主に他の税制優遇が選択肢となります。また、同一設備・経費への併用可否や調整計算のルールは制度ごとに異なるため、各公募要領・要綱や税制要件の個別確認が必要です。事前のシミュレーションに基づき最適な手法を選択・使い分けることがキャッシュフローの最大化に繋がります。

東京・新宿エリアをはじめ、全国の最前線で企業を支援してきた私たちBIZARQグループでは、過去の数字をまとめるだけでなく、未来の経営を加速させる視点から、税務・労務・法務を横断した資金調達サポートを行っています。制度の全体像とリスクを正しく理解し、自社に最適な支援策を見極めましょう。

助成金・補助金の違いと基本知識

会社設立時に利用できる具体的な制度を見る前に、まずは「助成金」と「補助金」のそれぞれの概要と違いについて整理しておきましょう。名前は似ていますが、管轄する省庁や目的、審査の仕組みが大きく異なります。

厚生労働省が管轄する助成金の特徴と仕組み

助成金は、主に厚生労働省が管轄しており、労働環境の改善や雇用の安定、人材育成を目的として設けられている制度です。

非正規雇用から正社員への転換や、従業員のスキルアップ研修の実施、働きやすい職場環境の整備など、人を大切にする企業に対して支給されます。

助成金は事前に定められた要件を満たし、正しい手順で申請を行えば支給の対象となり得る制度です。ただし、競争的な採択審査はありませんが、法定帳簿（労働者名簿、賃金台帳、出勤簿）の整備や未払い残業代がないことなど、日頃から適正な労務管理が行われていることに関する厳格な確認・審査があります。また、申請期間についても一律随時というわけではなく、制度やコースごとに計画書提出や支給申請の期限・期日が定められています。

経済産業省や自治体が管轄する補助金の特徴と仕組み

補助金は、主に経済産業省や中小企業庁、あるいは地方自治体が管轄しており、国や自治体が推進する政策目標の実現（事業拡大、IT化、省力化、地域活性化など）を後押しするための制度です。

補助金の大きな特徴は、要件を満たして申請したとしても、必ず受給できるとは限らない点です。多くの場合、採択予定件数や予算枠が決められており、応募された事業計画書をもとに審査が行われます。その審査を通過（採択）した事業者のみが支援を受けることができます。

一方で、要件のハードルや審査が厳しい分、受給できる金額の枠が数百万〜数千万円と大きく設定されている制度が多いのも特徴です。

助成金と補助金の3つの大きな違い

助成金と補助金の違いをわかりやすく整理すると、主に以下の3点に集約されます。
なお、どちらの制度にも共通しているのは「原則として返済の必要がないお金」であるという点です。

会社設立時に利用できる代表的な「補助金」3選（最新版）

ここからは、会社設立時や創業直後の事業展開に活用しやすい代表的な補助金制度をご紹介します。なお、補助金は公募の回や年度によって制度内容が変わるため、必ず最新の公募要領を確認するようにしてください。

1．最大250万円の支援！小規模事業者持続化補助金（創業型）

地域の雇用や産業を支える創業後間もない小規模事業者の生産性向上と持続的発展を図る制度です。

• 対象となる方
  常時使用する従業員が20人（商業・サービス業の場合は5人）以下の法人・個人事業主のうち、「特定創業支援等事業による支援を受けた日」および「開業日（設立年月日）」が公募締切時から起算して過去1年間の期間内に含まれる事業者。
  ※公募回によって要件が変更される場合があるため、申請時は必ず最新の公募要領をご確認ください。
• 補助金額と補助率
  上限額は200万円（インボイス特例を活用した場合は最大250万円）。補助率は対象経費の3分の2以内です。
• 対象経費の例
  新商品の開発費、店舗の改装費、チラシやパンフレットの作成費、ウェブサイト関連費、展示会への出展費用など。

最新の要件については、中小企業庁（小規模企業支援）の公式サイト等で確認することが重要です。

2．ITツールの導入を促進！デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）

中小企業・小規模事業者等の労働生産性の向上を目的として、あらかじめ登録されたITツールやソフトウェア、クラウドサービス等の導入費用を支援する制度です。

• 対象となる方
  要件を満たす中小企業・小規模事業者等。
• 補助金額と補助率
  申請する枠（通常枠、インボイス枠など）によって異なります。例えばインボイス枠（インボイス対応類型）では、会計・受発注・決済ソフトの導入において、最大350万円の補助が受けられます。PCやタブレット、レジ等のハードウェア購入費が対象になるケースもあります。
• 対象経費の例
  あらかじめ登録されたクラウド会計ソフト（freeeやマネーフォワードなど）の利用料（最大2年分）、受発注システムの導入費、サイバーセキュリティ対策費など。

3．革新的なサービス開発にものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金

通称「ものづくり補助金」と呼ばれるこの制度は、製造業だけでなく、卸売業や小売業、サービス業など幅広い業種が対象となります。革新的な新製品や新サービスの開発、生産プロセス改善のための設備投資を強力にバックアップします。

• 対象となる方
  給与支給総額の増加計画や事業所内最低賃金の引き上げなど、一定の要件を満たす事業計画（3〜5年）を策定・実施する中小企業・小規模事業者等。
• 補助金額と補助率
  従業員規模や申請枠によって異なりますが、製品・サービス高付加価値化枠では最大2,500万円（大幅賃上げ特例等の適用でさらに上乗せあり）。補助率は原則として2分の1（小規模事業者は3分の2）です。
• 対象経費の例
  専用の機械装置・システム構築費、技術導入費、専門家経費、クラウドサービス利用費など。

会社設立直後から検討したい！雇用・労働環境改善の「助成金」2選

会社設立後、事業を拡大するためには人材の確保と定着が不可欠です。厚生労働省が管轄する雇用関係の助成金は、事業が本格稼働し始めたタイミングで大いに役立ちます。

①正社員化で人材定着キャリアアップ助成金（正社員化コース）

非正規雇用労働者（有期契約社員、パートタイマー、派遣社員など）の企業内でのキャリアアップを促進するための助成金です。会社設立直後は事業の先行きが不透明なため、最初は有期契約で採用し、事業が安定してきた段階で正社員へ転換するというケースにおいて、創業初期から活用を検討しやすい代表的な制度です。

• 支援内容
  有期雇用労働者等を正社員化した場合、企業規模や対象労働者の区分、一定の加算措置などに応じて助成金が支給されます。支給額や要件は年度・コースによって変更されるため、最新の厚生労働省の案内を確認してください。

※制度の詳細は厚生労働省：キャリアアップ助成金のページをご参照ください。

②魅力ある職場づくりに人材確保等支援助成金

雇用管理制度の導入や労働環境の整備を行うことで、従業員の離職率低下や職場定着を図る事業主を支援する制度です。

• 支援内容（雇用管理制度・雇用環境整備助成コース等）
  賃金規定制度、諸手当等制度、人事評価制度、職場活性化制度（メンター制度等）、健康づくり制度（人間ドック等）などの雇用管理制度を新規に導入し、離職率低下目標を達成した場合などに助成金が支給されます。

優秀な人材が定着しやすい魅力的な会社組織を構築するうえで、初期段階から導入を検討したい制度の一つです。

自治体・地方創生関連の起業支援制度も活用しよう

国レベルの制度だけでなく、都道府県や市区町村が独自に用意している起業支援制度も多数存在します。これらは地域経済の活性化を目的としているため、地域に根ざした事業を行う際に有利です。

最大200万円を支援！地方創生起業支援事業（起業支援金）

地域の課題解決に資する社会的事業を新たに起業等する方に対して、起業等に必要な経費の一部を支援する制度です。

• 支援内容
  各都道府県が定める社会的事業の分野において、デジタル技術等を活用して地域課題の解決を目指す起業等に対し、最大200万円（補助率2分の1）が交付されます。対象経費には従業員の人件費や店舗借料、設備費、マーケティング調査費などが含まれます。

地域課題の解決に特化ローカル10,000プロジェクト（地域経済循環創造事業交付金）

産官学が連携し、地域の人材や資源を活用して新たなビジネスを立ち上げる民間事業者の初期投資費用を支援する制度です。地域密着型や地域課題解決、地域金融機関融資等が要件であり自治体との調整を伴うため、補助上限や要件は事業条件によって異なります。申請検討時は起業予定地の自治体窓口へ事前の確認・相談が必要です。

助成金・補助金申請でよくある失敗例と専門家が教える対策

助成金や補助金は事業成長の大きな助けとなりますが、ルールや税務・労務上の取り扱いを正しく理解していないと思わぬ失敗を招くことがあります。ここでは、実務上よくある失敗例とその対策を解説します。

失敗例1申請タイミングを逃し対象外に

• 失敗のケース
  「先に機械を購入し、後から補助金の申請を行おうとしたら、交付決定前の契約・発注が対象外となるルールだったため申請できなかった」「正社員への転換手続きを終えてからキャリアアップ助成金を知り、事前のキャリアアップ計画書提出をしていなかったため受給できなかった」というケースは非常に多く見られます。
• 専門家の対策
  多くの補助金では「事前申請と交付決定後の発注・契約」が必須であり、助成金もコースごとに事前に計画書を提出する期限が明確に定められています。投資や採用・転換を行う前に、利用できる制度がないかをリサーチし、早めに専門家へ相談することを推奨します。

失敗例2資金繰り計画の甘さによる資金ショート

• 失敗のケース
  「補助金がもらえるから」と背伸びをした設備投資を行った結果、補助金が振り込まれるまでの間の資金繰りが悪化し、事業運営に支障をきたしてしまったというケースです。
• 専門家の対策
  助成金・補助金は原則として「後払い（精算払い）」です。事業を実施し、経費を全額自社で支払ってから数ヶ月後にようやく入金されます。そのため、補助金が入るまでの「つなぎ資金」を日本政策金融公庫や民間金融機関からの創業融資等で確保しておくなど、自己資金と融資を組み合わせた盤石な資金繰り計画が必須となります。

また、税務上の大きな注意点として、受給した助成金・補助金は原則として法人税の課税対象となる収益（益金）に含まれ、補助金等の種類によっては圧縮記帳による課税繰り延べが可能です。そのため、受給額の全額がそのまま手元に残るわけではないため、税引き後の実質的な資金繰りを考慮しておく必要があります。

資本金の設定や融資の基本については、会社設立の資本金はいくら必要？金額の決め方やポイントを解説！ の記事もご参照ください。

東京・新宿をはじめ全国の事業拡大や資金調達でお悩みなら、税務・法務・労務のプロフェッショナルが連携するBIZARQグループにぜひご相談ください。最新の税制優遇や補助金情報をもとに、クラウド会計の導入から事業計画書の作成、助成金・補助金申請まで、次世代型のパートナーとして伴走いたします。助成金・補助金申請の詳細もご確認のうえ、初回相談は以下のリンクよりお気軽にお問い合わせください。まずは当事務所の税理士無料相談をご利用ください。

「会社設立時の助成金・補助金」に関するよくある質問