開業医の確定申告と節税対策とは？特例の計算方法やおすすめの手法を解説

全国47都道府県（フルリモート対応）で、医療クリニックの税務顧問や確定申告代行を通じて企業の成長を強力にバックアップする東京・新宿の税理士事務所、BIZARQ（ビズアーク）グループ 代表（公認会計士・税理士・行政書士）の吉岡伸晃です。

自身でクリニックを開業・経営している開業医の方は、勤務医時代とは異なり、毎年ご自身で所得税の確定申告を行う必要があります。確定申告には細かなルールが多く、期限も厳格に設定されているため、スムーズに手続きを終えるためには事前にポイントを押さえておくことが不可欠です。

また、高い税率が適用されやすい開業医にとって、所得税の節税につながる合法的なテクニックを知っておくことは、クリニックの経営安定に直結します。

本記事では、開業医の方が知っておくべき確定申告の基本ルールと、効果的な節税対策について詳しく解説します。

なお、クリニックの経費や医療法人・個人事業主の違い、個人事業主向けの節税テクニックについては以下の記事でも解説していますので、ぜひご覧ください。

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【プロの視点】節税の真の目的は「手元キャッシュの最大化」と「未来の医療への投資」

世の中には「税金を払うくらいなら、無駄なものを買って経費を増やそう」と考える方もいらっしゃいますが、これは本末転倒です。不要な経費を使えば税金は減りますが、手元からは確実に現預金が出ていき、キャッシュフローは悪化します。

開業医の皆様に実践していただきたいのは、「国が用意している共済や税額控除、減価償却の特例措置を漏れなく活用する」という、キャッシュアウトを最小限に抑えつつ資産を形成する「攻めの節税」です。そして、事業が成長して個人の所得税負担が大きくなった際には、「医療法人化（法人成り）」による税率の最適化を見据えることも重要です。専門家とタッグを組み、ご自身の状況に完全にフィットしたタックスプランニングを行うことで、安心できるクリニック経営を実現させましょう。

開業医は確定申告が必要！

勤務医の場合、毎年の収入が医療機関・学校・企業などから得る「給与」のみで、その総額が2,000万円未満であれば、原則としてご自身で確定申告を実施する必要はありません。給与を支払う事業主が毎月の給与から所得税を天引き（源泉徴収）しており、年末に所得額を確定・精算する「年末調整」を実施してくれるためです。

そのため、勤務医時代に確定申告をしたことがないという医師の方も多いかもしれません。しかし、開業医となった場合、クリニックからの収入は給与所得ではなく「事業所得」に該当します。税法上、給与所得以外に年間20万円以上の「所得（収入から必要経費を差し引いた金額）」が生じる人は、確定申告が必要となります。したがって、個人でクリニックを経営する開業医には確定申告の義務が生じます。

確定申告は、翌年の2月16日～3月15日の間に行うよう定められています（※期日が土日祝日の場合は、その次の平日が期日となります。また、税金が戻ってくる還付申告の場合は2月15日以前の提出も可能です）。期限を過ぎると無申告加算税や延滞税などのペナルティが課されるため、余裕を持った準備が必要です。

開業医の確定申告の流れ

開業医の確定申告の大まかな流れは以下のとおりです。

• 収入額を算出する
• 経費額を算出する
• 事業所得の計算～税額の算出

それぞれの工程について詳しく解説します。

3つの種類に分けて収入額を算出する

開業医の収入は、大きく以下の3種類に分けられます。

• 保険診療収入
  医療保険や国民健康保険など、公的医療保険が適用となる診療によって得た収入（窓口負担分＋支払基金等からの振込分）です。
• 自由診療収入
  保険適用外（自費）の診療による収入です。健康診断、予防接種、審美歯科、美容医療など、診療内容は多岐にわたります。
• 雑収入
  医療行為以外によって得た収入です。診断書の作成費や、他の医療機関への患者の紹介料、クリニック内で販売している歯ブラシ・健康食品などの売上も雑収入に含まれます。

これら3種類の金額を正確に集計し、1年間の総収入額を算出します。

実額か特例かを選び経費額を算出する

社会保険診療報酬の特例とは、実際の経費額にかかわらず、社会保険診療報酬に対して所定の割合を乗じた金額を「概算経費」として扱える租税特別措置法上の制度です。この特例は、以下の要件を満たす場合のみ適用を受けられます。

• その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下であること
• 自由診療収入や雑収入を含めた「報酬総額」が7,000万円以下であること

概算経費率は、社会保険診療報酬の階層ごとに以下のように定められています。

• 2,500万円以下： 72％
• 2,500万円超 3,000万円以下： 70％ ＋ 50万円
• 3,000万円超 4,000万円以下： 62％ ＋ 290万円
• 4,000万円超 5,000万円以下： 57％ ＋ 490万円

例えば、その年の社会保険診療報酬額が3,500万円であった場合、特例を用いると経費は「3,500万円 × 62％ ＋ 290万円 ＝ 2,460万円」となります。実額の経費がこれより少ない場合は、特例を使った方が圧倒的に有利になります。

なお、この特例を適用した場合、社会保険診療報酬部分に対しては「青色申告特別控除（最大65万円など）」を重ねて適用することはできません。青色申告特別控除は、自由診療や雑収入の事業所得部分からのみ控除される点に注意が必要です。

事業所得の計算から税額の算出まで進める

• 事業所得の計算
  「収入 － 支出（経費）＝ 事業所得」の計算式で所得を算出します。
• 課税標準の計算
  事業所得の算出後、不動産所得など他の所得があれば合算し、損益通算（ほかの所得に赤字があれば黒字から差し引く）や、純損失・雑損失の繰越控除を行います。
• 所得控除を差し引いて課税所得を計算する
  基礎控除、社会保険料控除、生命保険料控除、扶養控除、医療費控除などを所得額から差し引き、「課税される所得金額」を求めます。
• 税額を計算する
  課税される所得金額に対して、所定の所得税率（5％〜45％の累進課税）を掛け、速算控除額を差し引いて所得税額を計算します。詳細は国税庁の公式サイト等をご参照ください。
• 税額控除を差し引く
  算出された税額から直接差し引くことができるのが「税額控除」です。要件を満たした場合の住宅ローン控除や配当控除などがこれに該当します。

開業医が確定申告に向けて行いたい節税対策とは

開業医に向けた、確定申告前に実践すべき効果的な節税対策をご紹介します。

所得控除を最大限活用する

たとえば、生命保険料や個人年金保険料の支出があれば、所得控除のひとつである「生命保険料控除」を利用できます。ほかにも、扶養控除、医療費控除、ふるさと納税などによる寄付金控除など、開業医を含めた個人事業主が利用できる所得控除制度が多数存在します。所得控除を漏れなく活用するか否かで、最終的な所得税額は大きく変わります。

なお、これらの控除制度は、確定申告書に記載して申告しない限り適用されません。税務署が自動的に税額を計算・調整してくれるわけではないため、控除証明書などをしっかり保管し、漏れなく計上しましょう。

共済制度に加入して個人の所得控除や事業の損金算入を受ける

• 小規模企業共済
  個人事業主や小規模法人の役員が、自身の退職金を積み立てるための制度です。支払った掛金（最大で年間84万円）は、「全額が個人の所得控除」の対象となります。税率が高い開業医にとって、掛金全額が所得から差し引かれる効果は絶大です。廃業時や退職時に受け取る共済金は、税負担の軽い退職所得扱いになるメリットもあります。
  ※注意点：小規模企業共済の掛金は、クリニック（事業）の「経費」に算入するものではなく、確定申告書の「所得から差し引かれる金額（小規模企業共済等掛金控除）」に記載するものです。
• 経営セーフティ共済（中小企業倒産防止共済）
  本来は取引先が倒産した際の連鎖倒産を防ぐための制度です。支払った掛金（年間最大240万円、総額800万円まで）を「事業の必要経費」として計上できるため、事業所得の圧縮に極めて有効です。
  ※注意点：解約手当金は受け取る際に事業所得（雑収入）として課税されるため、クリニックの大規模な修繕や医療機器の購入など、経費が発生するタイミングに合わせて解約する出口戦略が必須です。

少額減価償却資産の特例を活用して40万円未満の医療機器等を一括経費にする

• 所得拡大促進税制（賃上げ促進税制）
  前年度より従業員の給与総額を増加させたクリニックに対し、増額分の一部を所得税額（または法人税額）から直接控除する制度です。中小企業向けの場合、一定の要件を満たすことで最大30%の税額控除が受けられます。
• 少額減価償却資産の特例を活用して40万円未満の物品を一括経費にする
  通常、10万円以上の医療機器やパソコンは数年かけて減価償却する必要がありますが、青色申告を行っている一定の要件を満たす中小企業・個人事業主の場合、「少額減価償却資産の特例」により、購入した年に一括で経費にすることができます。（※令和8年度税制改正により、対象となる取得価額が30万円未満から『40万円未満』に引き上げられ、従業員数400人以下の法人が対象となる等の要件変更が行われています。）

最新の特例の適用要件については、必ず実行前に顧問税理士にご相談ください。

経費にできる支出を漏れなく計上する

• 旅費交通費
  クリニックへの通勤費や、他の医療機関への応援、税理士との打ち合わせに向かうための交通費などが該当します。
• 研修費・図書研究費
  医療技術の向上など業務に関する研修に要した費用です。医学会の参加費、専門書籍や医学雑誌の購入代、講習会への交通費や宿泊費などが該当します。
• 通信費
  クリニックで使うインターネット代や電話代、患者や税務署などに書類を送付する際の郵便・切手代なども経費計上が可能です。プライベートと兼用しているスマホなどがある場合は、事業利用割合に応じて「家事按分」を行って計上しましょう。

開業医の確定申告と「医療法人化」は専門家に相談するのが安心

本来の所得よりも小さく（少なく）申告してしまうと、税務調査で指摘を受け、意図の有無に関係なく延滞税や過少申告加算税といった重いペナルティを課されるリスクがあります。一方で、経費計上や控除の適用に漏れがあると、課税所得が大きくなり、結果として納める税金が必要以上に高額になってしまいます。

確定申告を正確に、かつ「手元にキャッシュを残す」効果的な節税対策を戦略的に行うためには、当事者だけで抱え込まず、税務のプロフェッショナルのサポートを得るのが最も安心です。一言で税理士といっても得意分野が異なるため、「社会保険診療報酬の特例」や「医療法人化（医療法人成り）」のシミュレーションなど、医療業界特有の税務に強い専門家を選ぶことが成功の鍵となります。

多忙な診療業務と並行して、複雑な確定申告や節税対策を正確に行うことは容易ではありません。自院に最適な節税シミュレーションを実施し、持続的な成長を実現するための財務戦略を構築したいとお考えの院長先生は、全国47都道府県でオンライン対応が可能な当法人の確定申告代行サービスや医療法人設立サポートをぜひご検討ください。初回のご相談は無料でお受けしておりますので、確定申告や法人成りのシミュレーションに関するお悩みは、以下の税理士無料相談窓口よりいつでもお気軽にお問い合わせください。貴院のこれからの攻めの経営を、私たちが全力でバックアップいたします。

「開業医の確定申告と節税」に関するよくある質問