医療法人とは？種類と個人クリニックとの違いを税理士が解説

全国47都道府県（フルリモート対応）で、医療・クリニック開業支援を通じて企業の成長を強力にバックアップする東京・新宿の税理士事務所、BIZARQ（ビズアーク）グループ 代表（公認会計士・税理士・行政書士）の吉岡伸晃です。

「そろそろうちのクリニックも医療法人化すべきだろうか」「医療法人成りという言葉を聞くが、そもそも何が変わるのかよくわからない」
日々の診療に追われる中で、ご自身のクリニックの将来的な組織形態について、このような疑問や悩みを抱えている院長先生も多いのではないでしょうか。なんとなくのイメージだけで法人化を捉えていると、思わぬデメリットに直面することもあります。本記事では、医療法人の基本的な定義や種類、個人クリニックとの違いについて、医療経営に精通した税理士の視点で最新の税制改正も交えてわかりやすく解説します。

プロの視点医療法人化は「目的」ではなく、クリニックを永続させる「手段」

医療法人化（医療法人成り）を検討される際、多くの院長先生は「節税」を第一の目的に掲げる傾向があります。確かに、個人の累進課税から法人税の税率に移行することで、手元に残るキャッシュが増加するケースは多々あります。しかし、私たち東京・新宿エリアを拠点とするBIZARQグループでは、全国47都道府県のクリニック様からのご相談を受ける中で、「節税だけを目的とした法人化は後悔を招くリスクがある」と常々お伝えしています。

医療法人化の真の価値は、クリニックの「永続性」を担保し、地域医療への貢献基盤を盤石にすることにあります。個人クリニックの場合、経営の主体はあくまで「院長個人の財産と資格」に依存しています。万が一、院長先生に不測の事態が起きれば、クリニックは存続の危機に立たされます。一方、医療法人という「組織」になれば、経営と所有が分離され、事業承継や分院展開、さらには最新の高額医療機器の導入に向けた金融機関からの資金調達も有利に働きやすくなります。

また、令和8年度（2026年度）の税制改正においても、医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予制度（認定医療法人制度）の適用期限が3年延長されました。さらに、この制度の認定要件の一つである「社会保険診療報酬と同一の基準により計算されること」について、特定外国人患者に対する自由診療報酬の上限が、標準的な料金の「3倍」まで特例的に緩和されるなど、インバウンド医療需要の取り込みを後押しする環境も整ってきています。

法人化はゴールではなく、クリニックを次のステージへ引き上げるための有効な選択肢の一つです。設立時の煩雑な都道府県の認可手続きも、税理士と行政書士がワンチームで連携する体制があれば、手続きの負担を軽減し、円滑な設立をサポートすることが可能です。

そもそも「法人」とは？医療法人の法的な位置づけ

医療法人の詳細な説明に入る前に、大前提となる「法人」の概念について整理しておきましょう。法人とは、法律によって「人」と同じような法的な権利や義務を持つことが認められた団体のことを指します。

通常、私たち個人は法的な権利を行使して、商品の売買や不動産の契約などを行います。これと同様の権利や義務を団体に与えて「法人化」することで、その団体は自らの名義で売買、契約、資産の所有、裁判の当事者になることなどが可能になります。つまり、クリニックを法人化すれば、「院長個人」ではなく「医療法人〇〇会」という団体名義で、個人と同等の経済的・社会的な活動が行えるようになるのです。

法人の種類（公的法人・営利法人・非営利法人）

法人は、その設立目的や活動内容によって、大きく「公的法人」と「私法人（営利法人・非営利法人）」に分類されます。

• 公的法人
  公の業務を行うことを目的として設立される法人です。地方自治体などの地方公共団体や、特殊法人がこれに該当します。
• 営利法人
  経済的な利益を獲得し、それを構成員（株主など）に分配することを目的とした法人です。会社法によって規定された「株式会社」や「合同会社」などがこれにあたります。
• 非営利法人
  経済的な利益の分配を目的としない法人です。学校法人、NPO法人、社会福祉法人などが該当します。後述するように、医療法人はこの「非営利法人」の一種として厳格に位置づけられています。

医療法人とは（医療法における定義）

それでは、医療法人とは具体的にどのような組織なのでしょうか。医療法（第三十九条）において、医療法人は次のように定義されています。

病院、医師若しくは歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設又は介護医療院を開設しようとする社団又は財団は、この法律の規定により、これを法人とすることができる。
前項の規定による法人は、医療法人と称する。

要約すると、医療法人とは「病院や診療所（クリニック）、介護老人保健施設などの医療施設の開設・運営を目的として、医療法に基づき設立が認められた法人」のことです。

個人経営のクリニックとの違いを法人の定義に当てはめてみましょう。個人クリニックを所有し経営するのは「創設者である院長個人」です。しかし、クリニックを法人化すると、経営の主体は院長個人から「法人化したクリニック（医療法人）」へと移行します。町の個人商店が株式会社になるように、個人の医院が医療法人になるのです。「医療法人＝医師が医療を提供するために作る会社のような組織（ただし非営利）」とイメージするとわかりやすいでしょう。
より詳しい国の制度や法令要件については、医療法人・医業経営のホームページ（厚生労働省）などの一次情報も併せてご参照ください。

医療法人が設立される目的と「非営利性」の原則

医療法人は、単なるクリニックの集合体ではありません。医療法によって明確な設立目的と、厳格な活動のルールが定められています。

医療法人が設立される目的

個人の医療事業の経営主体を「法人」にすることで、資金の集積が容易になり、医療機関の経営に永続性が付与されます。個人の事情（病気や高齢化など）による経営困難を緩和し、地域医療の供給を安定させることが、医療法人の最大の目的です。

また、法人としての信用力が高まることで、金融機関からの融資が受けやすくなり、高額な最新医療機器の導入や施設の建て替えなど、医療の高度化を図りやすくなるという大きなメリットもあります。
医療法人化のメリットとデメリットについては、以下の記事でもさらに詳しく解説していますので、ぜひご覧ください。
【関連記事】医療法人化のメリットとデメリット

医療法人の非営利性とは

医療法人を理解する上で最も重要なキーワードが「非営利性」です。医療法（第七条）では、営利を目的とした病院や診療所の開設を許可しないことができると定められています。

医療は人々の生命と健康に関わる公共性の高い仕事であり、積極的に利益のみを追求するものであってはならないという理念に基づいています。そのため医療法人は、株式会社などの営利法人とは異なり、「出資者への配当（余剰金の分配）」が法律で禁止されています。

では、個人経営のクリニックの場合はどうでしょうか。実は、医療法で非営利が厳格に定められているのは「医療法人」と「病院」であり、個人の診療所（クリニック）自体にはこの縛りが直接的にかかっているわけではありません。そのため、個人クリニックの院長が、クリニックの経営で得た利益を自由に個人の用途で使ったり、並行して不動産投資や飲食店経営など別の営利活動を行ったりすることは原則として自由です（ただし、医師としての品位を保つ義務などは当然伴います）。

医療法人の種類と特徴

一言で「医療法人」といっても、その成り立ちや組織の構造によっていくつかの種類に分類されます。大きく分けると「社団医療法人」と「財団医療法人」の2つがあり、さらにその中で細かく制度が分かれています。
特に平成19年（2007年）4月1日の医療法改正（第5次医療法改正）を境に、設立できる法人の種類が大きく変わっている点に注意が必要です。

社団医療法人とは

社団医療法人とは、病院や診療所の開設を目的として「人（社員）」が集まって設立した医療法人のことです。複数の人から設立に必要な資金、不動産、医療機器などの出資・拠出を受けて設立されます。 現在、日本にある全医療法人のうち99％以上がこの「社団医療法人」であり、クリニックが法人化する場合は、原則としてこの形態をとります。

社団医療法人の種類（出資持分の有無・持分なし医療法人など）

社団医療法人は、かつては「出資持分のある法人」と「出資持分のない法人」に大別されていました。

• 出資持分とは
  出資者が、その医療法人の資産に対して、自分が出資した額（割合）に応じて所有する財産権のことです。株式会社の株主のようなもので、出資者が法人を退社する際や法人が解散する際に、資産の払い戻しを受ける権利がありました。
  しかし、この「払い戻し」が実質的な配当（営利活動）にあたるのではないかという批判や、後継者への代替わり時に莫大な相続税が発生してクリニックの存続が危ぶまれるといった問題から、平成19年（2007年）の医療法改正により、現在では「出資持分のある医療法人（持分あり医療法人）」を新しく設立することはできなくなりました。現在、新規で設立できる社団医療法人は以下の「持分なし」の形態のみとなります。
• 持分なし医療法人（基金拠出型など）
  法改正以降、新たに設立できるのは出資持分のない「持分なし医療法人」のみです。持分なし医療法人には、出資持分の代わりに「基金」という制度を採用する「基金拠出型」のほか、基金制度を設けない形態もあります。基金とは、医療法人の事業活動の原資として、拠出者（主に院長など）から集めた資金のことです。基金には利息や配当は付きませんが、法人の経営状況が安定しているなどの一定の要件を満たせば、拠出した元本部分を限度として返還を受けることが可能です（※なお、基金の返還には定時社員総会の決議等、法律で定められた厳格な手続きが必要となります）。
• その他（経過措置型医療法人など）
  法改正前から存在している「持分あり医療法人」は、当面の間そのまま存続することが認められており、「経過措置型医療法人」と呼ばれます。ただし、国は事業承継税制（認定医療法人制度）などの特例措置を設け、持分ありから持分なし（基金拠出型など）への移行を強く促しています。

財団医療法人とは

財団医療法人は、「人」の集まりではなく、個人や法人が無償で寄付した「財産（お金や不動産など）」を基盤として設立される医療法人です。
社団医療法人よりもさらに高い公益性が求められ、設立には莫大な財産が必要となるため、非常にハードルが高く、国内全体を見渡しても数百法人しか存在しません。個人のクリニックが法人化する際に選択されることはほぼありません。

特定医療法人・社会医療法人などの特殊な形態

社団・財団という枠組みの中で、特に公益性が高いと国や都道府県から認められた場合、特別な名称と税制優遇が与えられます。

• 特定医療法人
  地域医療の向上や社会福祉に著しく貢献しているとして、国税庁長官の承認を受けた医療法人です。要件は非常に厳しいですが、法人税の軽減税率が適用されるなど、大きな税制優遇を受けられます。
• 社会医療法人（旧特別医療法人）
  都道府県知事の認定を受けた医療法人です。救急医療、災害医療、周産期医療、へき地医療など、地域にとって不可欠でありながら採算が合いにくい公益性の高い医療を率先して担うことを目的としています。法人税や固定資産税の非課税措置など、極めて優遇された税制が適用されるほか、収益事業を行うことも認められています。

個人クリニックと医療法人の実務上重要な5つの違い

これからクリニックの法人化を検討される院長先生にとって、現在の「個人事業主」の形態と「医療法人」とで、実務上何が変わるのかを正確に理解しておくことは不可欠です。以下に、特に重要な5つの違いを解説します。

1．発生する税金の違い（所得税と法人税）

個人クリニックの利益には「所得税」がかかります。日本の所得税は累進課税制度をとっており、利益（所得）が増えれば増えるほど税率が上がり、住民税と合わせると最大で55％もの税負担となります。令和8年度（2026年度）の税制改正において、物価上昇に対応する形で基礎控除の引き上げ（本則62万円への引き上げや特例加算）が行われ、一定の負担軽減効果はあるものの、個人事業主の事業所得には給与所得控除が適用されないため、高収益体制になると依然として累進課税による税負担は非常に重くのしかかります。

一方、医療法人化すると、クリニックの利益には「法人税」が課せられます。法人税率は原則として一定（実効税率で約20％台〜30％強）であるため、一定の利益水準（一般的に所得が1,500万円〜2,000万円を超えたあたり）になると、医療法人化した方が税負担を抑えられる傾向があります。また、院長には法人から「役員報酬」として給与が支払われる形になり、給与所得控除を活用できる点も節税メリットとなります。さらに、令和8年度改正により給与所得者の課税最低限が178万円に特例的に引き上げられたことで、院長ご自身や、実際の職務内容に応じて役員に就任するご家族の報酬設定において、この非課税枠を勘案したより柔軟な資金設計が可能となる点も法人化の魅力の一つです。

ただし注意点として、役員報酬は原則として期中の金額変更ができず、柔軟な資金の引き出しは制限される（定期同額給与のルール）ため、毎期の売上見込みと個人の必要資金を精査した上で慎重に金額を設定することが重要です。

2．営利活動の可否

前述の通り、医療法人は法律によって非営利性が義務付けられており、株式会社のように出資者へ利益を配当することはできません。個人クリニック時代のように、事業用の口座から院長が自由にお金を引き出して私的に使うようなことは、法人化以降は厳禁となります。私的な流用は、税務調査において税務上の否認や役員貸付金として認定されるリスクがあり、悪質な場合には法的責任が問題となる可能性もあります。役員報酬という決められた範囲内で個人の生活設計を行う必要があります。

3．業務の範囲（分院展開・介護事業など）

個人クリニックの場合、1人の医師が管理できるのは原則1か所とされているため、分院を展開することは困難です。
医療法人になれば、法人の事業として複数の診療所（分院）を開設・運営することが可能になります（※ただし、各分院の管理者となる医師の確保が前提となります）。また、医療法で定められた範囲内であれば、訪問看護ステーションや介護老人保健施設など、医療と密接に関連する附帯業務を展開することも認められており、地域包括ケアの拠点として事業を多角化していくことが可能です。

4．開設できる数の制限

上記の業務範囲とも関連しますが、個人クリニックの場合、管理者の兼務制限などの観点から実務上は複数拠点の展開（分院展開）が困難です。法人の場合は、理事長とは別に各分院に「管理者（院長）」を配置することで、複数拠点の展開が可能になります。

5．設立に必要な手続きの重さと社会保険の負担

個人クリニックの開業は、保健所や厚生局への各種届出が中心であり、比較的スピーディーに完了します。
対して医療法人の設立は、都道府県知事による厳しい審査を経て「設立認可」を受ける必要があり、その後、法務局での「設立登記」を行ってはじめて成立します。このプロセスには非常に多くの書類作成と、約半年から1年という長い準備期間を要します。

さらに実務上の注意点として、社会保険（健康保険・厚生年金）への加入義務があります。個人のクリニックは、常時5人以上の従業員を雇用している場合は原則として社会保険の強制適用事業所となりますが、5人未満の場合は任意適用です。一方、法人化すると従業員数にかかわらず強制適用となります。そのため、個人事業で非常勤スタッフを中心に運営していたクリニックや、医師国保などに加入していた場合、法人化によって事業者負担（法定福利費）が大幅に増加して手元キャッシュを圧迫するリスクがあります。税負担の軽減だけでなく、社会保険料の負担増も含めた総合的な事前シミュレーションが不可欠です。（※なお、個人クリニック時代に医師国保に加入していた場合、一定要件を満たして年金事務所の『健康保険適用除外承認』を得ることで、法人化後も引き続き医師国保に加入し続けることが可能なケースもあります。こうした専門的な制度活用も含め、事前の綿密なシミュレーションが重要となります。）

医療法人の設立は、単なる節税対策ではなく、クリニックの永続的な発展と地域医療への貢献を目指すための重要な経営戦略です。しかし、その手続きは煩雑で、社会保険料増加などの実務リスクを踏まえた事前の入念なシミュレーションが要求されます。東京・新宿をはじめ全国の医療・クリニック開業や法人化でお悩みなら、税務・法務・労務・許認可のプロフェッショナルがワンチームで伴走するBIZARQグループへご相談ください。先生が「過去の処理」や「煩雑な手続き」に追われることなく、医療という「本業」と「未来の経営」に集中できるよう、私たちが次世代型パートナーとして全力でサポートいたします。まずは一度、当法人の医療・クリニック開業ページをご覧いただき、税理士無料相談より貴院の現状やビジョンをお聞かせください。

「医療法人の設立」に関するよくある質問