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医療法人におすすめの節税方法とは？法人化後にやるべき対策を紹介！

東京・新宿を拠点に全国47都道府県（フルリモート対応）で医療・クリニック開業サポートや税務顧問を手掛ける、BIZARQ（ビズアーク）グループ 共同代表（公認会計士・税理士・行政書士）の吉岡伸晃です。

「クリニックの利益が増えてきたから医療法人化したけれど、次にどんな節税対策をすればいいのか分からない」とお悩みの理事長先生は非常に多くいらっしゃいます。

医療法人化することで様々な節税メリットを受けられますが、実は法人化した「後」にこそ、実行できる強力な節税対策がいくつも存在します。節税は単純に目先の納税額を減らすだけでなく、クリニックの事業継続と発展のために手元にキャッシュを残す有効な手段です。

この記事では、医療機関の財務を数多く支援してきたBIZARQの専門家が、医療法人におすすめの節税方法と、法人化後にやるべき具体的な対策を分かりやすく解説します。

※医療法人化のメリットとデメリットの基礎については、以下の記事もぜひご参照ください。

【プロの視点】医療法人の節税は未来の医院経営を加速させる投資

具体的なテクニックを解説する前に、医療特化の税理士としてお伝えしたい重要なポイントがあります。それは、「医療法人の節税は、スタッフとクリニックの未来を守るための投資であるべき」ということです。

例えば、無理な経費を使って税金を減らしても、手元の資金（キャッシュ）がなくなってしまっては、最新の医療機器の導入や分院展開などのチャンスを逃してしまいます。また、違法スレスレの過度な節税は、万が一税務調査で指摘された場合、地域におけるクリニックの社会的信用を失うという致命的なダメージに直結します。

私たちが提案する節税は、出張旅費規程による院長の学会参加のサポートや、企業年金制度の導入による「スタッフの福利厚生充実（＝採用強化・離職防止）」など、結果として税金を減らしながら医院の成長を後押しする財務戦略です。過去の数字をいじるのではなく、未来を創るための節税を行っていきましょう。

医療法人化による節税効果（おさらい）

まずは、個人開業医から医療法人へ移行した際に得られる、基本的な節税メリットを簡単におさらいしておきましょう。

• 法人税率への切替
  個人の所得税は所得が増えるほど税率が高くなる累進課税制度で、最大55%にもなります。しかし、医療法人に課せられる法人税は税率30％程度でほぼ一定であり、個人の最高税率より大幅に低く設定されています。
• 給与所得控除を受けられる
  医療法人化すると、院長の所得区分が「事業所得」から「給与所得（役員報酬）」となり、給与所得控除が適用されるため、個人の所得税の節税となります。
• 所得を分散できる
  家族を理事などの役員に就任させて役員報酬を支給することで、クリニック全体の所得を分散し、世帯全体での税負担を抑えることができます。
• 退職金を支給できる
  個人医院の場合、自分への退職金を支給して経費にすることはできませんが、医療法人化すると退職金を支給し、法人側で全額損金（経費）処理することができます。退職所得は税制上非常に優遇されているため、大幅な節税となります。
• 生命保険料を経費にできる
  医療法人が契約者となることで、支払った生命保険料の全額又は一部を経費にすることが可能になります。

医療法人化後にできる5つの節税対策

ここからは、法人成りした後に実行できる代表的かつ効果的な節税対策を5つ紹介します。

1. 出張旅費規程の活用

出張旅費規程とは、理事長やスタッフが学会や研修などへ出張する場合の旅費や日当について定めた社内ルールのことです。
この規程に基づいて支給される交通費、宿泊代、そして食事代などの日当は、医療法人側では「旅費交通費」として経費計上でき、受け取る個人側でも「非課税所得」となるため所得税や住民税がかかりません。

法人税を発生させることなく法人から個人へ資金を移せるため、学会等の出張が多い医療法人ほど大きな節税効果があります。規程がないまま日当を払うと給与扱い（課税対象）となってしまうため、早期の作成が必須です。

2. 事前確定届出給与の活用

事前確定届出給与とは、役員に対し「所定の時期」に「所定の金額」を支給することをあらかじめ定め、事前に税務署へ届出をした上で支払う給与のことです。
通常、役員に対する賞与（ボーナス）は経費として認められませんが、この届出を期限内に行うことで、役員賞与を全額損金に算入することができます。（参考：国税庁「役員に対する給与」）

支給時期を決算期末近くに設定しておき、利益が大きく出た場合にこの方法を活用して税負担を抑えるのが効果的です。もし業績が悪く支払いが厳しい場合は「不支給」とすることも可能（議事録の作成は必要）です。

3. MS法人（メディカル・サービス法人）の活用

MS法人とは、医療機関から委託された医療関連業務（レセプト請求、清掃、医療機器のリースなど）や周辺業務を行う、同族経営の営利法人のことです。
クリニック本体（医療法人）とMS法人の2つの会社を持つことで、所得を適切に分散させ、法人税の累進構造（一定の利益までは税率が低い仕組み）を二重に活用した節税が可能となります。また、将来の事業承継や相続税対策としても非常に有効な手段です。

4. 短期前払費用の活用

家賃やリース代、保守料などの毎月支払っている経費を、決算月にまとめて「1年分前払い」することで、支払ったその事業年度の損金（経費）に算入することができる特例です。
これを「短期前払費用」と呼びます。決算直前に突発的な利益が出た際、月払いから年払いへ契約変更することで大きな節税効果を発揮します。

ただし、「支払日から1年以内にサービスの提供を受けるもの」であることや、「継続して毎年年払いにする」といった要件を満たす必要があります。一度年払いにすると翌年以降も年払いが必須となるため、資金繰りには十分な注意が必要です。

5. 確定拠出年金と確定給付企業年金の活用

スタッフの老後資金形成を会社がサポートする制度ですが、法人の節税対策としても非常に強力です。

• 企業型確定拠出年金（企業型DC）
  企業が毎月掛金を拠出し、従業員自らが年金資産を運用する制度（掛金上限は月額55,000円）。
• 確定給付企業年金（DB）
  将来の年金給付額を約束し、必要な掛金を会社が拠出する制度（掛金上限は月額給与の20％、最大100万円まで）。

どちらも、医療法人が拠出した掛金は全額損金算入できるため法人税の節税になります。さらに、掛金は給与扱いにならないため、個人と法人の社会保険料負担を大幅に削減できるというダブルのメリットがあります。福利厚生の充実としてアピールできるため、優秀な医療スタッフの採用強化・離職防止にも直結します。

医業においては、節税対策の有無によって100万円単位で納税額に差が出てしまいます。しかし、専門家の正しいアドバイスなしに自己流で節税を行うと、税務調査で否認され、多額の追徴課税を受けたり社会的信用を失ったりするリスクがあります。法に則った安全なやり方で、計画的な財務戦略を立てることが何よりも大切です。

「法人成りしたものの、税金が高くて困っている」「自院に最適な節税方法や企業年金の導入を検討したい」とお考えの理事長先生は、ぜひBIZARQにご相談ください。医療業界に特化した税理士・社労士の連携により、過去の処理ではなく未来の経営を加速させるご提案をいたします。

医療法人の設立から税務戦略については、当法人の医療・クリニック開業サポートもご覧ください。節税やセカンドオピニオンに関するお悩みは、ぜひ税理士無料相談をご利用ください。

この記事の監修者

吉岡 和樹 Kazuki Yoshioka

BIZARQグループ 共同代表

上智大学を中退後、7年間にわたり中堅会計事務所に勤務し、2014年にBIZARQ Groupの前身となる会計法人を設立。「経営のアクセルを踏む『攻め』のコンサル」を信条とし、会計・税務だけでなく経営や財務の相談に幅広く対応。創業融資やリスケジュール支援など、資金調達を通じた伴走支援で企業の成長を力強く後押ししている。事業計画の策定と銀行対応に多数の実績を持つ。