2023年（令和5年）10月1日から、インボイス制度が開始となりました。
インボイス制度は、消費税の仕入税額控除の方法を大きく変える制度です。
インボイス制度は規模の大小を問わず、多くの事業者に影響を与えると考えられます。
そんなインボイス制度ですが、医療法人・個人クリニックは必ずしも大きな影響を受けるとは限りません。
インボイス制度について適切な対処をするためには、そもそも自院が影響を受けるのか・どのような対処をするべきなのか正しい理解が必要です。
今回はインボイス制度が医療法人・個人クリニックに与える影響について解説します。
なお、前述のようにインボイス制度は消費税に関する制度です。
医療機関にかかる消費税については以下の記事で詳しく解説していますので、ぜひこちらもご覧ください。
CONTENTS
医療法人・個人クリニックへの影響を見る前に｜インボイス制度の概要
医療法人・個人クリニックへの影響を見る前に、まずはインボイス制度の概要を紹介します。
インボイス制度とは、消費税の仕入税額控除に関する新たな制度です。
インボイス制度の開始後、仕入税額控除を受けられるのは適格請求書等（インボイス）を保存している取引のみとなります。
消費税は、売上にかかる消費税から支払った消費税を引いた額を納付額とする仕組みです。
このような消費税の納付額を計算する仕組みを仕入税額控除と呼びます。
インボイス制度の開始前は、支払った消費税（仕入や経費にかかった消費税）すべてを売上にかかる消費税から引くことができました。
しかし、インボイス制度の開始後は、売上にかかる消費税から控除できるのがインボイスを保管している取引にかかる消費税のみになりました。
インボイスを発行するためには、適格請求書発行事業者として登録する必要があります。
そして、適格請求書発行事業者の登録が可能なのは、消費税の課税事業者のみです。
現行制度において、以下のいずれかに該当する場合は消費税の納付義務が免除されます。
- ・基準期間（前々事業年度）における課税売上高が1,000万円以下
- ・基準期間における給与の支払額が1,000万円以下
また、免税事業者であっても本体価格に消費税を上乗せして請求することが可能です。
しかし、消費税の免税事業者のままではインボイスの発行ができません。
すなわち買い手側は、免税事業者との取引を仕入税額控除の計算に含めることができないのです。
本体価格に消費税が上乗せされた金額を請求された場合、買い手側は本体価格に加えて消費税分も負担する必要があります。
結果として、買い手側はインボイスを発行できる事業者との取引を優先するようになる可能性があります。
つまり、インボイス制度の開始後も免税事業者のままでいると、案件・取引先の獲得に支障が出る恐れがあるのです。
インボイスの影響を受ける医療法人・個人クリニックとは
続いて、インボイス制度による影響を受ける医療法人・個人クリニックについて解説します。
インボイスの影響を受ける医療機関2パターン
前提として、医療法人・個人クリニックという組織形態は、インボイスの影響有無に直接関係はしません。
インボイス制度は組織形態を問わず、事業者・法人全般へ影響を与える制度ですが、すべての医療機関がインボイス制度の影響を受けるわけではありません。
インボイス制度の影響を受けるのは、消費税の課税事業者となる医療機関と、事業者と取引をする医療機関です。
具体的には以下の2パターンが挙げられます。
- 1．自費診療による売上が年間1,000万円を超える医療機関
- 2．企業や医師会等の事業者宛に請求書や領収書を発行する医療機関
前章で、前々事業年度の課税売上高が1,000万円以下であれば消費税の免税事業者の要件を満たすと紹介しました。
言い換えると、前述の金額を超える事業者は消費税の課税事業者となります。
1は消費税の課税事業者であるためインボイス発行に対応するべきといえます。
課税事業者であるのにインボイス制度に対応せず、適格請求書発行事業者の登録をしないことに特別なメリットはありません。
課税事業者でなくても、2に該当する場合はインボイスの影響を受ける恐れがあります。
前章で紹介したように、買い手である事業者にとってインボイスを発行できない医療機関との取引は負担が大きくなるためです。
課税売上1,000万円以下の免税事業者で売上の相手先が患者さんのみである場合、インボイス制度による影響はほとんど受けないでしょう。
そのため、1・2いずれにも該当しない医療機関であれば、適格請求書発行事業者に登録する必要はないといえます。
消費税の課税義務を判断する基準は、あくまでも年間の課税売上高です。
医療機関における健康保険適用の診療は消費税が発生しないため、課税売上高の計算に含めません。
そのため、規模が大きい医療機関であっても、売上の相手先が患者さんのみでインボイスの影響を受けないケースは十分に有り得ます。
インボイス制度への対応をしないとどうなる？
前述した2パターンに該当しない医療機関であれば、インボイス制度への対応をしなくても特に問題ないと考えられます。
一方で、インボイス制度の影響を受ける医療機関がインボイス制度の対応をせずにいると、以下のようなリスクがあります。
取引先を失う
インボイス制度の開始後、仕入税額控除の計算に含められるのはインボイスを保存している取引のみです。
もし免税事業者から本体価格に消費税を上乗せした金額を請求された場合、買い手は仕入税額控除をできず、該当の消費税も負担する必要があります。
したがってインボイス制度の開始後、買い手はインボイスに対応している事業者との取引を優先する可能性が高くなります。
つまり、インボイスに対応していない免税事業者は取引先を失う恐れがあるのです。
既存の取引先から値引き交渉を受ける
これまで本体価格に消費税を上乗せして請求していた場合、消費税分の値下げを要求される可能性があります。
新たな取引先の確保が難しくなる
前述のように、今後買い手はインボイスに対応している事業者との取引を優先する可能性が高くなります。
つまり、免税事業者が新たな取引先を確保するのが難しくなると考えられます。
医療法人・個人クリニックでインボイスを発行する方法
適格請求書発行事業者として登録するか否かは事業者の自由です。
しかし既に触れたように、インボイス制度の影響を受ける医療機関が対応をせずにいると、さまざまな悪影響を受ける恐れがあります。
そのため、自院はインボイス制度の影響を受けると考えられる場合、適格請求書発行事業者として登録するのがおすすめです。
この章では、医療法人・個人クリニックでインボイスを発行する方法について解説します。
適格請求書発行事業者への登録方法
すでに消費税の課税事業者である場合、新たに必要な手続きは登録申請のみです。
納税地を所轄する税務署長に適格請求書発行事業者の登録申請を行います。
税務署における審査が行われた後、適格請求書発行事業者の登録番号が記載された登録通知書が届きます。
通知書が届けば登録が完了した状態であるため、以降は通知書に記載された登録番号等の必要事項を記載したインボイスの発行が可能です。
免税事業者が適格請求書発行事業者になる場合、本来はまず消費税の課税事業者になる必要があります。
通常、免税事業者が課税事業者になるためには「消費税課税事業者選択届出書」の提出が必要です。
ただし、インボイス施行後の2023年10月1日から2029年9月30日までの日が属する課税期間中に免税事業者が適格請求書発行事業者の登録を受ける場合、「消費税課税事業者選択届出書」の提出は免除されます。
申請書に登録希望日を記載することで、適格請求書発行事業者の登録希望日から課税事業者になったとみなされるためです。
そのため、適格請求書発行事業者の登録申請書の提出のみで問題ありません。
なお、消費税の額を最小限に抑えるためには、消費税の計算方法として原則課税と簡易課税のどちらが有利になるかの検討も必要です。
簡易課税を選択する場合は消費税簡易課税制度選択届出書を提出する必要があります。
簡易課税と原則課税については以下の記事で詳しく解説しておりますので、ぜひこちらをご覧ください。
インボイスに記載が必要な項目
インボイスに記載が必要な項目として、以下の7点が挙げられます。
- 1．請求書発行者の氏名または名称
- 2．請求書の交付先の事業者の氏名または名称
- 3．取引の年月日
- 4．取引の内容
- 5．適格請求書発行事業者の登録番号
- 6．税率ごとに区分した消費税額
- 7．税率ごとに区分して合計した税額および適用税率
このうち5～7は、従来の請求書に加えて記載が必要になった項目です。
まとめ
インボイス制度はすべての医療法人・クリニックに影響を与えるわけではありません。
インボイス制度の影響を受けるのは、消費税の課税事業者である医療機関と、事業者との取引がある医療機関のみといえます。
これらに該当せずインボイスの影響を受けない医療機関であれば、インボイス制度に向けて何らかの対応をする必要はないでしょう。
インボイス制度に対応するためには、適格請求書発行事業者への登録手続きが必要です。
手続き自体はそれほど難しくありませんが、そもそもインボイス制度が複雑なため、疑問や不安を持つ場面も多いでしょう。
インボイス制度について気になる事項があれば、早めに専門家である税理士に相談するのが安心です。
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吉岡 伸晃
記事監修
BIZARQ合同会社代表公認会計士